Logic and
Theory of
Discrete Systems

Informatik 7

Algorithmen in der Bioinformatik

Seminar im Sommersemester 2015

Inhalt

Die Bioinformatik entwickelt Verfahren für die Erhebung, Aufbereitung und Analyse biologische Daten. Der Großteil dieser Daten sind molekularbiologisch; das heißt, sie modellieren Eigenschaften der kleinsten Bausteine von Lebewesen. So werden zum Beispiel Eigenschaften des Genoms durch DNS-Sequenzen oder Eigenschaften des Proteoms durch Netzwerke von Interaktionen zwischen Proteinen modelliert. Typische Problemstellungen aus Biologie und Medizin für diese Daten sind zum Beispiel die Suche nach Mustern in DNS-Sequenzen oder die Integration verschiedener Netzwerke zu einem Gesamtnetzwerk. Da diese Aufgabenstellungen in der Regel eine hohe Komplexität haben und sich auf große Datenmengen beziehen, erfordern sie die Entwicklung möglichst effizienter Algorithmen.

Im Seminar werden in der Bioinformatik entwickelte Algorithmen zur Lösung von Problemen auf molekularbiologischen Daten zuerst erarbeitet und dann in Ausarbeitungen und Vorträgen vorgestellt. Jedes Thema des Seminars widmet sich dabei einer bestimmten biologischen oder medizinischen Fragestellung und deren Lösung mit Algorithmen. Dies schult sowohl den Umgang mit Algorithmen und Datenstrukturen als auch die Fähigkeit sich in neue Anwendungsbereiche (in diesem Fall die Bioinformatik) einzuarbeiten.

Voraussetzungen und Anforderungen

  • Voraussetzung für eine erfolgreiche Teilnahme am Seminar sind ein sicherer Umgang mit den Themen der Vorlesungen Datenstrukturen und Algorithmen und Berechenbarkeit und Komplexität. Kenntnisse aus der Bioinformatik werden nicht vorausgesetzt; sie werden im Seminar erarbeitet.
  • Die Teilnehmenden des Seminars erstellen jeweils eine 5-seitige Ausarbeitung und halten einen 45-minütigen Vortrag zu einem algorithmischen Thema aus der Bioinformatik. Das Thema wird mit Hilfe von Lehrbüchern und Originalliteratur erarbeitet.

Organisatorisches

  • Das Seminar wird von Michael Elberfeld durchgeführt.
  • Die Vorbesprechung findet am Freitag, den 10.04.2015 von 14:15 Uhr bis 15:45 Uhr im Seminarraum i7 statt.
  • Die Termine der Vorträge finden Sie im CAMPUS-Eintrag und im L2P-Raum der Veranstaltung.

Themen und Literatur

Themen und Literatur des Seminars werden in der Vorbesprechung ausgegeben. Ein einführendes Buch zu dem Thema des Seminars ist An Introduction to Bioinformatics Algorithms von Neil C. Jones und Pavel A. Pevzner, 2004, MIT Press.

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